اين بخش از پگاه سيستم به عنوان يكي از پرمسئوليت‌ترين واحد سازماني، وظيفه‌ي شناخت، تحليل، طراحي و پياده سازي و تست نرم‌افزارها را بر عهده دارد. حاصل فعاليت‌ها و تلاش‌هاي اين واحد به صورت راهكارها و محصولات «پگاه‌سيستم» به بازار عرضه مي‌شود كه بايد افزون بر داشتن ويژگي‌هاي يك محصول كارا و توان‌مند، قابل متناسب‌سازي با نيازهاي خاص مشتريان و قابل توسعه باشد. بخش کارخانه نرم افزار «پگاه‌سيستم» با بهره‌گيري از توان علمي، تخصصي و تجربي برگزيدگان شاخه‌ي نرم‌افزار و فناوري اطلاعات و همچنين با بهره‌گيري از تازه‌ترين فناوري‌ها مربوط به امر توليد، موفق به ساخت و توليد نرم‌افزارهايي شده است كه ازنظر يكپارچگي، انعطاف‌پذيري، تنوع و شيوه كاربري داراي مزيتهاي رقابتي بالايي نسبت به ساير محصولات توليد شده در اين زمينه مي‌باشد.
بخش توليد «پگاه‌سيستم» در تمام سطوح تحليل، طراحي، پياده‌سازي، آزمايش، انتقال و توسعه سيستم‌ها از فناوري‌هاي روز دنيا بهره مي‌گيرد. همه‌ي محصولات اين بخش با رعايت اصول نوين مهندسي نرم‌افزار، با معماري چند لايه و بر پايه‌ي مفاهيم شي‌گرا (OOP- OOD- OOA) طراحي و پياده‌سازي شده‌اند. محصولات «پگاه‌سيستم» به صورت کاملا یکپارچه طراحي شده‌اند و در پیاده سازی اين توليدات، بانك‌ اطلاعاتي SQL Server به كار گرفته شده ‌است.